تأسس معهد الشرق الأوسط عام 1946 وهو من أقدم المؤسسات في واشنطن المنكبّة على دراسة الشرق الأوسط دون سواه0 عمل مؤسسا المعهد، العالم جورج كامب كيسر (George Camp Keiser) ووزير الخارجية الأميركي الأسبق كريستيان هرتر (Christian Herter)، على وضع قاعدة بسيطة من شأنها زيادة معرفة الشرق الأوسط في صفوف المواطنين الأميركيين وتعزيز فهم أفضل بين شعوب هاتين المنطقيتن"

كسب معهد الشرق الأوسط سمعةً كمصدر غير منحاز للمعلومات وللتحليل في هذه المنطقة الحساسة من العالم، وهي سمعة حافظ عليها كل الحفاظ منذ تأسيسه. ويبقى معهد الشرق الأوسط اليوم صوتاً محترماً وغير منحاز في مجال الدراسات الشرق أوسطية.

أطلق معهد الشرق الأوسط العديد من البرامج التي لا تزال قائمة حتى اليوم، فأُنشئت مكتبة جورج كامب كيسر مع المعهد عام 1946، وهي تضمّ المجموعة الأكثر شموليةً للّغة الإنجليزية من المواد حول الشرق الأوسط في واشنطن خارج إطار مكتبة الكونغرس.

عمل المعهد على نشر العدد الأول من مجلة الشرق الأوسط علم 1947، وهي منشورة أكاديمية رفيعة الشأن متوافرة في ثلثي المكتبات الجامعية في الولايات المتحدة، كما أنها متوافرة عبر البريد الإلكتروني للطلاب وللأكاديميين حول العالم.

بالرغم من التمويل المحدود في الأيام الأولى لتأسيسه، أصبح معهد الشرق الأوسط يُعرف بتحليله الموثوق به وغير المنحاز والثاقب لمنطقة الشرق الأوسط. وشملت المبادرات التي قام بها معهد الشرق الأوسط الندوات والنشرات الإخبارية الصادرة مرتين في السنة والمؤتمرات السنوية. وعالجت المؤتمرات التي عقدها عدداً لا يُحصى من القضايا المعاصرة، بما فيها تأثير أزمة النفط في الشرق الأوسط والمشاكل الناجمة عن البترودولار على الأميركيين، والعنف والحوار في الشرق الأوسط، والسياسة السوفياتية حيال المنطقة.

يُعتبر معهد الشرق الأوسط بقيادة رئيسته الحالية ويندي شامبرلين (Wendy Chamberlin) ورئيس مجلس إدارته وايش فاولر (Wyche Fowler)، مورداً أساسياً للشرق الأوسط بالنسبة لصانعي السياسات، وللصحافيين، وللرأي العام. وترمي مهمته إلى "تعزيز معرفة الشرق الأوسط في أميركا وتوطيد فهم الولايات المتحدة في صفوف شعوب وحكومات المنطقة". ويستمرّ معهد الشرق الأوسط في تطوير سبُل جديدة آيلة إلى بلوغ هذه الجماهير من خلال الأحداث، والمنشورات، والمحتوى الأصلي على شبكة الإنترنت، والصفوف.